Además de las carpetas mencionadas por Patrix, descubrí que Apple Mail (al menos la versión de Mavericks de OS X 10.9) está usando otra carpeta, en:
..... / Library / Containers / com.apple.mail
Después de que intenté hacer un reinicio limpio de Mail deshabilitando (cambiando de nombre) todas las carpetas que pensé que estaba usando (y después de haber hecho un Force-Quit del proceso "cfprefsd" en mi nombre de usuario, para restablecer aún más las cachés), mi correo se congeló al intentar iniciar.
Cuando también deshabilité la carpeta en Biblioteca / Contenedores, la aplicación de correo pudo iniciarse.