Estoy de acuerdo con Mark. Por lo general, no lleno una unidad más del 80-85%, ya que las partes más lentas de una unidad mecánica comienzan alrededor de ese punto. Los HD tienen diferentes velocidades y tiempos de acceso según la ubicación en el disco.
Por lo tanto, usar una aplicación como iDefrag podría ayudar (¡recuerda hacer una copia de seguridad de tus archivos antes!) pero es probable que tengas que hacerlo de forma regular para proporcionar un resultado continuo, y me pregunto si el tiempo que vas a pasar en esto no va a ser para nada.
Yo sugeriría usar RAID-0 o mejor aún, configuraciones de unidades RAID-5. Un poco más expansivo, pero la velocidad será mucho más constante durante un período de tiempo más largo, pero esta configuración también conlleva más riesgos (especialmente RAID-0), por lo tanto, NECESITA una copia de seguridad, podría ser costoso ...
Un SSD es una buena solución, el único problema es la capacidad. Un SSD de 204 Gb bueno, rápido y confiable tiene un costo de ~ 500 $, 480 Gb por ~ 900 $.