La aplicación Fluid, como se menciona en los comentarios, permite esto. Es más una herramienta de "aplicación de una sola página", pero utiliza Safari bajo el capó y lo uso para mantener la sesión en diferentes cuentas al mismo tiempo sin tener que recurrir a Chrome [1].
En macOS Sierra, la versión gratuita de Fluid permite el almacenamiento de cookies por separado, mientras que anteriormente era una función de pago (barata).
[1] Chrome es excelente, pero usa demasiada batería para usar todo el día.