EDITAR: Me equivoqué y este es un artículo de una versión preliminar de ios10. Este ajuste parece no existir más. Por lo que sé, no es posible volver a la forma antigua: /
Este cambio se debe a que Viber y Skype ahora usan CallKit, que puede leer en aquí .
En ese artículo dice esto:
Es importante tener en cuenta que Apple no lo obligará a permitir que cualquier aplicación de VoIP se integre con el teléfono sin su permiso. Al igual que usted debe autorizar a las aplicaciones de terceros para que accedan a su cámara o micrófono, las aplicaciones habilitadas para CallKit pondrán un nuevo tipo de indicador de iOS a la primera ejecución pidiendo permiso para usar CallKit.
Tiene perfecto sentido en mis ojos. Un poco más abajo dicen esto:
Cualquier aplicación de VoIP que haya permitido usar CallKit respetará su configuración actual de No molestar y una lista de contactos bloqueados. Por último, puede revocar estos permisos para las aplicaciones de VoIP pulsando los interruptores en Configuración → Teléfono → Proveedores de servicio .
Por lo tanto, acudir a los proveedores de servicios y desactivar el acceso a CallKit debería revertirlo a la forma que desee.