Los datos del usuario se guardan en áreas muy específicas en las aplicaciones de iOS, y hay otras áreas (caché y tmp) donde se pueden almacenar temporalmente los datos que se pueden recrear sobre la marcha (o por descarga) si es necesario. Hasta que iOS5, una actualización a través del App Store sería una reinstalación completa, efectivamente, pero preservando el área de datos del usuario para que su Angry Birds actualizada retuviera sus puntuaciones más altas, etc. Sin embargo, elimine la aplicación y también elimine estas áreas del usuario. ya que no pueden existir fuera de la aplicación (están en un espacio aislado, y no están disponibles a través de un sistema de archivos como un mecanismo, etc.
Para proteger estas áreas, realice una copia de seguridad a través de iTunes. La aplicación (o la última versión binaria de la misma) se almacena, así como los datos del usuario. Es posible descargar una aplicación, crear algunos datos, hacer una copia de seguridad, eliminar la aplicación & datos, luego actualice la aplicación desde iTunes sin instalarla en su teléfono, y luego vuelva a agregarla a su lista de sincronización, momento en el cual pasará el nuevo binario y volverá a llenar las áreas de usuario con sus datos guardados.
Creo que a partir de iOS 5 es posible una actualización "delta", por lo que en lugar de volver a instalar la aplicación completa en la parte superior (reteniendo los datos del usuario), solo descarga los bits que han cambiado, pero no puedo encontrar los detalles exactos en este momento. Ciertamente, las futuras actualizaciones del sistema operativo se realizarán de esta manera, y estoy seguro de que llegarán si aún no ha llegado a las descargas de la tienda de aplicaciones, tanto en las tiendas de aplicaciones de Mac como de iOS.