Aquí está el private.xml que terminé usando en KeyRemap4Macbook para volver a asignar las claves. En particular, tenga en cuenta que lo configuré para que la combinación física de la pestaña de comandos todavía active el cambio de aplicación como en la versión anterior de RDP. Tenga en cuenta que también debe habilitar las opciones existentes "Shift_L to Lazy_Shift_L" y "Shift_R to Lazy_Shift_R" para habilitar el uso de la tecla de comando-shift para navegar hacia atrás al cambiar de aplicación.
<appdef>
<appname>MRD</appname>
<equal>com.microsoft.rdc.mac</equal>
</appdef>
<item>
<name>Swap command and option in Remote Desktop</name>
<identifier>private.remotedesktopswapcommandandcontrol</identifier>
<only>MRD</only>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::TAB, MODIFIERFLAG_EITHER_LEFT_OR_RIGHT_OPTION, KeyCode::TAB, ModifierFlag::COMMAND_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::OPTION_L, KeyCode::COMMAND_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_L, KeyCode::OPTION_L</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::OPTION_R, KeyCode::COMMAND_R</autogen>
<autogen>__KeyToKey__ KeyCode::COMMAND_R, KeyCode::OPTION_R</autogen>
</item>