Voy a la memoria en esta respuesta porque no puedo recordar en este momento el documento de soporte de Apple que cubrió esto (tendré que buscarlo más tarde o alguien puede actualizar mi respuesta si tiene el enlace) .
Ambos colores indican que se realizó una actualización y no has abierto la aplicación desde esa actualización.
El punto azul oscuro significa que la aplicación se actualizó manualmente. Esto significa que vio que había una actualización disponible y pulsó el botón para realizar la actualización.
El punto azul claro significa que la aplicación se actualizó automáticamente. Esto significa que tiene activadas las actualizaciones automáticas y que la App Store verificó, vio una actualización disponible y actualizó la aplicación sin que usted inicie la actualización.
Espero que tenga sentido y que no sea vica-versa.