Mi Apple TV2 dejó de responder al control remoto IR de repente. El LED blanco parpadearía con cada pulsación de botón, pero no pasaría nada. Pude sincronizar el control remoto del Apple TV con mi Macbook Pro, y funcionó bien. Mi antiguo control remoto IR de plástico, que todavía funciona con mi MBP, también mostraba el mismo comportamiento con el Apple TV.
El Apple TV sí respondió a la aplicación remota de iOS, por lo que ese tampoco es el problema.