Sí, siempre existe un riesgo de pérdida de datos, aunque el software (iTunes e iOS) está diseñado para permitirle realizar una copia de seguridad y transferir todos los datos antes de que se borre algo.
Es mejor estar en línea / llamar a Apple o visitar una tienda e investigar cómo evitar una sincronización automática para su versión de iTunes y los pasos para realizar una copia de seguridad / transferir ese contenido antes de comenzar.
Sin saber tu versión de iOS y la de iTunes es difícil ser más específico. Debería ir bien, pero lo mejor es estar preparado de antemano.