En las preferencias del sistema, las he configurado todas en "Ninguna" para las distintas aplicaciones, pero todavía veo cosas como actualizaciones de software y estado de la batería allí en ventanas emergentes en la esquina superior derecha de mi pantalla.
¿Hay alguna forma de desactivar todas las notificaciones?
No molestar silenciará todas las notificaciones. Puede habilitarlo abriendo el Centro de notificaciones haciendo clic en el ícono NC en la barra de menú (o deslizándose desde el lateral del trackpad con dos dedos) y activando el interruptor.
Puede configurar permanentemente No molestar si va a Preferencias del sistema → Notificaciones y configura la programación en " 00:00 en < fuerte> 23:59 ".
→ 
Para eliminar el Centro de notificaciones por completo, puede ejecutar los siguientes comandos de Terminal:
launchctl unload -w /System/Library/LaunchAgents/com.apple.notificationcenterui.plist
killall NotificationCenter
sudo defaults write /System/Library/LaunchAgents/com.apple.notificationcenterui KeepAlive -bool False
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