Tengo el mismo problema y creo que es un error del sistema (10.10.1) sin ninguna buena solución. Incluso si no tiene espacios adicionales en su pantalla secundaria, aparecerá un espacio adicional en su pantalla principal en cada reinicio.
Resumiré para usted los diversos enfoques que he probado y los resultados de cada uno. Solo el primero lo resolvió totalmente para mí, pero no es ideal, ya que debes acostumbrarte a convertir tu pantalla secundaria en la nueva pantalla principal.
(Mis dos pantallas son de diferentes tamaños, lo que limita las formas en que se puede resolver.)
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Si su Mac ve su pantalla secundaria como "primaria" (¿aparece aquí por primera vez el logotipo de Apple de la pantalla de arranque?), entonces puede usar las preferencias de Pantalla, en Arreglo, para mover la barra de menú a su secundaria monitor. Lo probé y soluciona el problema, pero ahora todo está predeterminado en la pantalla secundaria. Verás constantemente nuevas notificaciones, nuevas ventanas, etc. apareciendo en la pantalla secundaria. No es lo ideal, pero resolvió el problema de los espacios que se envían a la pantalla principal después de cada reinicio.
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Si su Mac ve su pantalla secundaria como "principal" (¿aparece aquí por primera vez el logotipo de Apple de la pantalla de inicio?), entonces quizás puede intercambiar los puertos donde se muestran estas pantallas están enchufados. Compré los adaptadores para hacer esto, pero fue un fracaso total para mí. No importa dónde conecte mi pantalla más pequeña, el Mac seleccionó esto para la pantalla de inicio cada vez. Incluso trashé todas las preferencias de visualización y pulsé la PRAM para comenzar de nuevo ... no importa lo que haya intentado, la pantalla secundaria más pequeña se inició como la principal. A menos que haya configurado la barra de menú en esta misma pantalla en las preferencias, el error que está informando permanecerá.
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En el foro de Apple , varios usuarios han informado de que desactivar el inicio de sesión automático lo solucionó por completo. Este truco también falló para mí. El proceso de inicio se veía mejor ya que ya no tenía que mirar las imágenes del escritorio cambiando y redimensionando, pero después de iniciar sesión, el problema de raíz de los espacios que se desplazaban a una pantalla permanecía.
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Desactiva el elemento "las pantallas tienen espacios separados" en las preferencias de Control de Misión. No es una solución práctica. Esto es como matar al paciente para curar la enfermedad. Claramente hay un error cuando se usan espacios separados que necesitan ser atendidos con urgencia.
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Si sus dos pantallas son del mismo tamaño y no le importa cuál es la principal, la pantalla que contenga el logotipo de Apple se convertirá en su pantalla principal. Use Preferencias de pantalla, en Disposición, para mover la barra de menú a su pantalla. Luego colóquelos físicamente en el escritorio de su computadora a su gusto. Esta es la única solución perfecta, pero obviamente solo funciona cuando no te importa qué pantalla física está configurada como la principal.
EDIT :
Desde que publiqué esta respuesta, envié este error a Apple usando mi cuenta de desarrollador de Apple el 18 de diciembre de 2014. El estado actual de mi informe de error (19299246) es "abierto". Actualizaré esta respuesta a medida que rastree el error con Apple.