¿Puedo extender Alfred con un programa de línea de comandos para limpiar el escritorio?

Tienes que usar clean up window of desktop en lugar de clean up the desktop .

tell application "Finder" to clean up window of desktop by name

Utilizando la respuesta de @Lauri Ranta como punto de partida, armé este Applescript para Alfred:

on alfred_script(q)
set q to "" & q
if q is "kind" then
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by kind
else if q is "cdate" then
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by creation date
else if q is "mdate" then
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by modification date
else if q is "size" then
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by physical size
else if q is "label" then
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by label index
else
    tell application "Finder" to clean up window of desktop by name
end if
end alfred_script

Puede ver los diferentes parámetros para cambiar el orden que desea en el script (y cambiarlos a algo que tenga más sentido para usted si lo desea).

Para usarlo, abre las Preferencias de Alfred - > Extensiones y haga clic en el botón + en la parte inferior izquierda. Elija AppleScript e ingrese un nombre para él. (Llamé al mío 'Limpiar escritorio'). Escriba un título y una palabra clave para el script, y luego pegue el código en el campo AppleScript. Haz clic en Guardar y deberías estar listo para comenzar.

Si está utilizando Alfred 2: abra las Preferencias de Alfred - > Flujos de trabajo y haga clic en el botón + en la parte inferior izquierda. Elegir plantillas - > Essentials - > Palabra clave para AppleScript. Haga doble clic en el nodo de palabra clave y establezca la palabra clave que desea (elegí cdesk), Título y Subtexto (aquí enumeré los posibles argumentos: tipo, fecha, fecha, tamaño, etiqueta). Guarde los resultados y luego edite el nodo Ejecutar NSAppleScript y pegue el código y guarde.