Tengo el mismo problema con mi Retina MBP (el modelo de 2.3 GHz); después de actualizar a la última versión 10.8.2 (incluida la actualización de gráficos) y reanudar el funcionamiento durante la noche, a todas las aplicaciones de Apple (Safari, Finder, etc.) les faltan todos los iconos de la barra de herramientas y la barra de menú ( vea una captura de pantalla ).
Esta es la segunda vez que encuentro el problema. La primera vez que hice una reinstalación limpia de Mountain Lion (es decir, limpié el disco) e no instalé las últimas actualizaciones de OS X. Cuando ayer actualicé OS X (después de una semana), hoy el problema estaba de nuevo después de reanudar el funcionamiento del equipo durante la noche.
rm -rf'ing todos los archivos en / Library / Caches y ~ / Library / Caches y el reinicio no me ayudó. Presenté un informe de error en enlace .
Actualización:
Después de leer este subproceso , reinicié en modo seguro, luego Vuelve al modo normal y los iconos ya están de vuelta. Deshabilité la hibernación como medida de precaución, hasta que Apple solucione el problema.