Aparte de la respuesta que dio Shaggy D, que no sobrescribe nada a menos que se le indique específicamente, simplemente combina las dos "ramas" de la biblioteca (incluyendo señalar y crear archivos separados en instancias de, por ejemplo, notas que han sido modificadas en ambas ubicaciones creando un conflicto) la sincronización también se produce cuando se realiza una copia de seguridad de los contenidos del teléfono que no forman parte de la biblioteca de iTunes, si está realizando una copia de seguridad en una computadora en lugar de iCloud. Así, por ejemplo, sus sms convos, archivos de preferencias, etc.
Esa parte es un proceso de una sola vía, desde el teléfono hasta la computadora. Lo contrario es cuando haces clic en "restaurar desde copia de seguridad".
Una cosa a tener en cuenta es que si desea que su copia de seguridad realmente refleje su dispositivo, debe activar el cifrado o salteará algunos datos confidenciales, salud y demás.
Todo lo relacionado con esto también está bastante confuso en estos días, ya que puede elegir hacer una copia de seguridad en iCloud en lugar de en una computadora, y lo más probable es que sus contactos, notas, etc. ya estén reflejados a través de iCloud o sus cuentas de Google / Exchange. Tocó en la sincronización porque ya está en la nube.
Un último consejo sobre la biblioteca: por lo general, transferirá las compras de la App Store realizadas en el teléfono a la computadora, lo que puede ocupar mucho espacio y los archivos no sirven para la computadora. Sin embargo, si no están en la computadora, no se volverán a colocar en el dispositivo en caso de una restauración. Si necesita espacio en su unidad principal, mueva definitivamente toda su biblioteca de iTunes a una unidad diferente, o enlace la carpeta de aplicaciones móviles y mueva los archivos .ipa, funciona perfectamente bien.