La ventana de altura completa no es de altura completa El Capitán

El espacio en la parte inferior de la ventana ocurre cuando su Dock se coloca en la parte inferior de la pantalla y se oculta. Si está visible, no hay espacio, y si el Dock se coloca al lado de la pantalla, el espacio aparece en ese lado cuando está oculto.

No tengo conocimiento de ninguna forma de deshabilitar este comportamiento, pero ha estado presente en OS X durante algún tiempo.

Si está buscando el tamaño máximo de la ventana, puede probar el modo de pantalla completa, que llena toda la pantalla con el contenido de la ventana e incluso oculta el menú y las barras de título.

Apple diseña las pantallas para dejar un espacio entre la ventana superior y la barra de menú (especialmente visible con una barra de menú oscura y una imagen de fondo brillante) y también mantiene un espacio entre la parte inferior física de la pantalla y la ventana.

Si tuviera que adivinar, es para preservar las sombras y la "profundidad" de la interfaz y tomaron la decisión consciente de implementar las ventanas de esta manera.

Es posible que tenga que presentar algunos informes de errores y recopilar casos de uso para determinar si esto es malo para que anulen esta decisión. Es difícil dejar de verlo una vez que lo note, pero no creo que sea solo un error en su código.