Realmente no puedo responder por qué es tan ineficiente, pero tuve el mismo problema, y lo resolví utilizando filtros de cuarzo gratuitos de Jerome Colas.
Esta publicación en los foros de discusión de Apple tiene los detalles , pero el enlace es roto, un extra * al final lo rompe, debería ser enlace .
Descargue, descomprima y agregue la carpeta "Filtros" a su carpeta de la Biblioteca.
Para usar, abra un PDF en Vista previa, haga clic en Archivo > Guardar como, luego seleccione Filtro de cuarzo y el nivel de compresión.
CreoqueJeromeestáexponiendoalgoque ya existe en OSX , pero ciertamente, es una buena solución que me funciona bien, permitiéndome obtener un buen equilibrio entre calidad y tamaño de archivo.