Para un usuario general que agrega una nueva unidad a un sistema en ejecución con datos, debería iniciar Recovery HD (que es solo un sistema operativo de arranque ligeramente oculto en una partición adicional) durante el arranque al mantener command + R cuando escuchas el timbre de inicio.
Luego puede usar la Utilidad de Discos para particionar la nueva unidad. En ese momento, puede clonar el sistema de la HDD a la SSD o ejecutar el instalador del sistema operativo y tener un sistema operativo limpio en la SSD para que pueda elegir los usuarios, los datos del usuario y las aplicaciones que migra.
En su caso, no hay nada que realmente necesite en el HDD principal. Me demoraría en borrar el disco duro hasta que el sistema operativo se ejecute en el SSD y vea que las tres aplicaciones de iLife todavía están disponibles para canjearlas.
Una vez que hayas canjeado esas aplicaciones, estarán vinculadas a tu ID de Apple, mientras que las reinstalaciones del sistema operativo estarán vinculadas al número de serie de la CPU.