En la mayoría de los casos no hay diferencia. Sin embargo, dentro de cada paquete de aplicaciones hay un archivo Info.plist que contiene información sobre la aplicación que es útil (principalmente) para Mac OS X (los tipos de archivos que maneja, etc.).
Pero el archivo Info.plist también puede contener información sobre el entorno en el que la aplicación necesita ejecutarse. Por ejemplo, el archivo Info.plist puede contener variables de entorno que deben configurarse antes de que se inicie el ejecutable. Si ejecuta usted mismo el ejecutable (en la línea de comandos), esas variables no se establecerán y el comportamiento de la aplicación podría ser diferente.
EDITAR: Para profundizar un poco más en esto, si hace clic con el botón derecho en una aplicación y "Mostrar contenido del paquete", luego desplácese hasta "Contenido: MacOS" y haga doble clic en el icono ejecutable en que < En el directorio / em>, también omitirá los servicios de inicio y la información en el archivo Info.plist se ignorará. Así que puedes hacer en el Finder lo que estás haciendo en la línea de comandos (sin opciones de línea de comandos, por supuesto).