Estoy enfrentando el siguiente problema después de actualizar a El Capitán. Dice:
Installing shared extensions: /usr/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20121212/
cp: /usr/lib/php/extensions/no-debug-non-zts-20121212/#INST@826#: Operation not permitted
mientras ejecuta sudo make install en la carpeta mcrypt / php-5.6.13 / ext / mcrypt. Creo que esto se debe a SIP, pero a la inversa.