No - Time Machine no conservará el cifrado del disco de origen, ya que lee los archivos de forma no encriptada como cualquier otro proceso una vez que inicie sesión en la Mac.
Debería asegurarse de que todos los destinos de Time Machine también estén cifrados para proteger adecuadamente sus datos tanto en la computadora principal como para que estén cifrados en los volúmenes de Time Machine. Esto es tan fácil como marcar una casilla de verificación en el panel de preferencias de Time Machine en las preferencias del sistema.
En macOS 10.12 Time Machine emitirá una notificación útil si, de hecho, selecciona un destino sin cifrar para el sistema operativo cifrado.