La respuesta anterior no me ayudó en Yosemite: cuando arrastré la aplicación a la carpeta vacía, la aplicación desapareció por un tiempo y la carpeta todavía estaba allí, vacía e inquietante. Pero luego encontré una manera de solucionarlo sin reiniciar Launchpad:
Haga clic y mantenga presionada cualquier aplicación aleatoria hasta que todos los íconos comiencen a temblar, luego arrastre la aplicación a la carpeta, NO SE LIBERA, y arrástrela nuevamente a su lugar. Justo después de arrastrar hacia atrás, la carpeta vacía ha desaparecido.