¿Cómo agrego una bandera a un alias?

O, usa una función en lugar de un alias:

con() {
  local OPTIND svr
  while getopts ":ab" option; do
    case $option in
      a) svr=server1 ;;
      b) svr=server2 ;;
      ?) echo "invalid option: $OPTARG"; return 1 ;;
    esac
  done
  ssh username@${svr}.domain.com
}

con -a

Nope: los alias son simples sustituciones de texto. Utilice nombres de alias diferentes en su lugar:

alias cona='ssh [email protected]' 
alias conb='ssh [email protected]'

EDITAR si es absolutamente necesario tener indicadores, una función servirá mejor que un alias - vea la respuesta de @glenn-jackmann .