Si tienes tanto iTunes como Xcode instalados, Xcode debe cerrarse para actualizar iTunes, incluso si Xcode no se está actualizando. Existen algunas dependencias entre iTunes y Xcode para el aprovisionamiento de aplicaciones, y el cierre de Xcode garantiza que la instalación se ejecutará.
Todo lo que necesitas para salir de iTunes y Xcode para que la actualización continúe. Xcode no se actualizará de la Tienda por eso.
Por cierto, si no eres un desarrollador, considera eliminar Xcode de tu Mac para ahorrar espacio y problemas.