Yo también tuve el problema de reindexación después de actualizar a Lion. Sin embargo, el problema no existía para todos los usuarios, solo para el que usaba FileVault 1.
Después de unas semanas, me quedé sobre frustrado y corrí ... †
$ sudo mdutil -a -i off
... en la Terminal, y en el mismo minuto me di cuenta de que la configuración se aplicaba en todo el sistema. Me encogí de hombros y disfruté de unas horas de reindexación, una sesión libre después de la cual decidí volver a encender Spotlight, ya que es crucial para mi flujo de trabajo en otras cuentas de usuario; entonces:
$ sudo mdutil -a -i on
Y mientras estaba en ello, decidí borrar el índice anterior y reconstruir el nuevo desde cero con:
$ sudo mdutil -aE
Hice esto hace aproximadamente un mes y no he encontrado reindexación "inútil" desde entonces. Estoy felizmente sorprendido porque solucionar el problema fue simplemente una coincidencia.
Entonces, ¿has intentado apagarlo y volver a encenderlo?
†) la bandera -a
aplicará la acción a todos los volúmenes , que puede que no sea algo que quieras, y en realidad tampoco era lo que yo quería, pero solo quería seguir haciendo blitzkrieg el problema.