advertencias médicas de Homebrew que solicitan eliminaciones de la biblioteca

Recibí las mismas advertencias y las resolví con lo siguiente:

Entonces, primero haga una copia de seguridad de estos archivos:

mv /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib.bak ...

Luego instale tcl / tk con Homebrew:

brew tap homebrew/dupes brew install tcl-tk --with-tk

Luego vincule los archivos, para que R pueda encontrar el tcl / tk instalado por Homebrew:

ln -s /usr/local/Cellar/tcl-tk/8.6.1/lib/libtcl8.6.dylib /usr/local/lib/libtcl8.6.dylib ln -s /usr/local/Cellar/tcl-tk/8.6.1/lib/libtk8.6.dylib /usr/local/lib/libtk8.6.dylib

Por favor, vuelva a verificar que la ubicación vinculada sea donde está instalado tcl-tk.

Ahora tanto Homebrew como R están felices.

Más detalles se pueden encontrar en mi blog . Espero que esto ayude.

Recibí las mismas advertencias de brew doctor . Para deshacerme de la R que había instalado a través del paquete cran, básicamente seguí los mismos pasos que Olivier, eliminando así la aplicación y el marco como se describe en R Instalación y administración :

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

Luego eliminé cuidadosamente los archivos enumerados como pertenecientes al paquete al asegurarme de que no se eliminaron directorios (especialmente la rama usr completa, que aparece en la salida de pkgutil - - elimine éste y obtendrá un error de kernel):

for F in 'pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | sed 's/^/\//''
  do if [[ -f $F ]]
    then rm $F
  fi
done

Esto me dejó con pocos directorios relacionados con Tcl y Tk en /usr/local/lib , que eliminé manualmente , verificando la salida de pkgutil . Alternativamente, pero el riesgo de eliminar directorios no relacionados que, por cualquier motivo, se dejaron vacíos, se podría hacer a través de:

find /usr/local -type d -empty -delete

Reinstalé R a través de brew install r sin problemas.

Tuve la intención de desinstalar R completamente de mi Mac y reinstalarlo usando Homebrew.

PRECAUCIÓN: NO SIGA ESTOS PASOS Lea hasta el final de la publicación antes de realizar cualquier acción.

Los pasos que tomé fueron los siguientes:

1) Eliminar la aplicación R y el marco:

rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \
   /usr/bin/R /usr/bin/Rscript

2) Retire los paquetes que acompañan a R (entendí que R instaló algunos paquetes). En mi sistema, identifiqué los siguientes paquetes:

$ pkgutil --pkgs | grep org.r-
org.r-project.R.Leopard.fw.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI.pkg
org.r-project.R.Leopard.GUI64.pkg
org.r-project.R.x86_64.fw.pkg
org.r-project.R.x86_64.GUI.pkg
org.r-project.x86_64.tcltk.x11

Para ver qué archivos conforman el paquete Tcl / Tk, por ejemplo, puede escribir:

pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11

Usé el siguiente comando para eliminar todos los archivos y (sub) carpetas de ese paquete:

pkgutil --files org.r-project.x86_64.tcltk.x11 | xargs sudo rm -rf

Resultó ser una muy mala idea ya que resultó en un pánico en el kernel y ¡tuve que volver a instalar los Mavericks! Aparentemente, de acuerdo con los genios de Apple Store, los paquetes anteriores vienen preinstalados con Mavericks y, por alguna razón desconocida, al eliminar los archivos del paquete mencionado anteriormente, se eliminan algunos archivos esenciales del sistema.

Llegué a la conclusión de que usar Homebrew causa muchos más problemas en lugar de hacer mi vida más fácil. Originalmente, dejé MacPorts para Homebrew porque Homebrew era más rápido y MacPorts parecía tener muchas "hojas" en sus árboles. Además, ambos requieren un mantenimiento regular.

¡Finalmente, estoy renunciando a ambos!