No uso Automator, pero tengo una solución que utilizo para comprimir archivos. Introduzca el nombre de archivo y la contraseña que desee al principio del script y exporte como una aplicación. Arrastre y suelte sus archivos en el ícono de la gota y voilà, se crea un archivo zip en la misma carpeta que los archivos originales.
on open theItems
set passwd to "yourPassword"
set archiveName to "yourArchive"
tell application "Finder"
if theItems's length > 1 then
set fileName to archiveName & ".zip"
else
set fileName to name of item 1 of theItems & ".zip"
end if
--remove existing archive file with same filename
try
set archiveFile to ((container of (item 1 of theItems) as Unicode text) & fileName)
if exists file archiveFile then
delete file archiveFile
end if
end try
end tell
repeat with thisItem in theItems
set itemPath to quoted form of (POSIX path of thisItem)
tell application "Finder"
set parentFolder to POSIX path of (container of thisItem as alias)
end tell
set zipFile to quoted form of (parentFolder & fileName)
set cmd to "zip -P " & passwd & " -rj " & zipFile & " " & itemPath & " -x *.DS_Store"
do shell script cmd
end repeat
end open