Creo que a menos que haya marcado "Mostrar todas las extensiones de nombre de archivo" en las Preferencias del Finder, la extensión .app está oculta de forma predeterminada. Si tuvieras que mirar a Sparrow en Finder, ¿ves el .app? Si es así, abra la ventana Obtener información para ella ( Cmd + i mientras está resaltado) y asegúrese de que la opción "Ocultar extensión" esté marcada. Tendría que comprobar cada aplicación que muestra su extensión manualmente.
Otra cosa es que si tienes más de una de las aplicaciones, creo que siempre mostrará la extensión en Spotlight.
Si nada de eso funciona, siempre puedes intentar reconstruir tu índice de Spotlight: $ sudo mdutil -E /