Cuando ejecutas el simulador de iPad 5.1 en modo retina, parece que las aplicaciones de iPhone usan gráficos de retina en 1x. Como la nueva pantalla del iPad es de 1536x2048 (retrato) y la aplicación de iPhone de la retina es de 640x960, sigue teniendo el mismo tamaño físico que una aplicación de iPhone sin retina en un iPad sin retina.
Así que supongo que sí, el nuevo iPad usará retina-graphics en las aplicaciones de iPhone, pero se verá del mismo tamaño en 1x que las aplicaciones de iPhone sin retina en un iPad sin retina, y 2x solo duplicará el gráficos.
Tenga en cuenta que el simulador de iPad es solo, como su nombre lo indica, un simulador. Aunque generalmente es una buena indicación, no hay garantía de que el hardware se comporte de la misma manera.