No estoy seguro de qué es el "clic del medio", suena como una utilidad de terceros, así que hasta que sepamos qué quiere decir con esto y qué se supone que debe hacer, no puedo ayudar en ese aspecto.
Sin embargo, una cosa que diría es que hay una diferencia entre un toque de 3 dedos y un toque triple. La mayoría de las personas significaría un toque triple para significar tocar 3 veces, de la misma manera que hacer doble clic significa hacer clic dos veces. Para mayor claridad, estoy seguro de que te refieres a un toque de 3 dedos (los tres dedos de una vez con un toque). Es un punto menor, pero te ayudará a definir mejor el problema.
Si, después de deshabilitar la función de búsqueda de 3 dedos en la respuesta de Daniel Lawson, esto detiene la búsqueda en el diccionario, pero luego no permite que su utilidad MiddleClick lo use, entonces puede sugerir que simplemente no es compatible con Mountain Lion. y me gustaría consultar con el desarrollador para obtener ayuda.