Puede usar KeyRemap4MacBook con una private.xml como este:
<?xml version="1.0"?>
<root>
<item>
<name>⌃← & ⌃→ to ⌥← & ⌥→</name>
<identifier>remapCtrlLeftAndCtrlRightToAltLeftAndAltRight</identifier>
<autogen>
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_LEFT, VK_CONTROL | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_LEFT, ModifierFlag::OPTION_L
</autogen>
<autogen>
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_RIGHT, VK_CONTROL | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_RIGHT, ModifierFlag::OPTION_L
</autogen>
</item>
</root>
No conozco ninguna configuración de Preferencias del sistema con respecto a esto.
Con respecto al comentario, cambie el contenido de < autogen > a ...
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_LEFT, VK_OPTION | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_LEFT, ModifierFlag::CONTROL_L
__KeyToKey__
KeyCode::CURSOR_RIGHT, VK_OPTION | ModifierFlag::NONE,
KeyCode::CURSOR_RIGHT, ModifierFlag::CONTROL_L