Asegúrese de que la sincronización de aplicaciones esté deshabilitada entre su Mac y los dispositivos iOS (que puede verificar dos veces en la configuración de iTunes cuando el dispositivo está enchufado). Luego entra en la sección de Aplicaciones de iTunes y borra todas las aplicaciones. Con iCloud y iTunes Match, dejé de sincronizar mis dispositivos iOS hace más de un año y no es absolutamente necesario tener una copia de seguridad de estas aplicaciones en su computadora.
Si necesita ayuda para administrar su sincronización, consulte este artículo en la Base de conocimientos de Apple. Básicamente, querrás hacer lo contrario de lo que dice.