Puedes hacer esto con Growl GUI, no es el mejor enfoque, pero debería funcionar:
Con la GUI de Grown puede establecer la duración del evento por estilo. También puede asignar estilos por aplicación.
Entonces, si asigna diferentes estilos a diferentes aplicaciones, puede lograr el efecto deseado. Pero eso daría lugar a diferentes estilos visuales para diferentes aplicaciones, que pueden no ser deseados. También puede duplicar estilos (no sé cómo) y asignar estilos que sean visualmente iguales a diferentes aplicaciones. Alternativamente, puede crear nuevos estilos basados en los existentes.
Nuevamente, no es la mejor solución pero debería funcionar.