No ... Estoy bastante seguro de que no puedes hacer esto.
Los iconos que no están "anclados" en el dock para facilitar el acceso se rellenan de izquierda a derecha en el orden en que inicias la aplicación correspondiente.
Lo que está en el dock se especifica mediante el archivo de preferencias del dock y por la configuración administrada (MCX) si la máquina está conectada a un servidor de Open Directory.
Si una aplicación aparece en una de estas ubicaciones de configuración, su icono aparecerá en la base, ya sea que la aplicación se esté ejecutando o no. Si no está en una de estas ubicaciones de configuración, el ícono de la aplicación _will_not_ aparecerá en el dock hasta que se inicie.
Es posible que suponga que hay una utilidad de terceros que es capaz de lo que está pidiendo, pero no es algo que el stock Dock en OS X pueda hacer.
Lo siento ... Seguro que sería genial.
¿Has pensado en utilizar la ocultación automática en el dock ... ???
Configura tus íconos donde los quieras y luego configura el dock para que se oculte automáticamente. Entonces no lo ve en absoluto, hasta que pase el mouse sobre el borde de la pantalla ... No es exactamente lo mismo ... todavía tendría que lidiar con el desorden de iconos al intentar cambiar de programa ...