¿Tiene alguna unidad externa conectada? Ciertos discos duros externos entrarán en algún modo de modo inactivo cuando no se hayan usado por un tiempo y bloquearán las cosas hasta que se vuelvan a encender. Esto se activa por cualquier cosa que requiera acceso al sistema de archivos, ya sea que intente acceder a esas unidades o no.
Si este es su problema, será muy intermitente y será causado por otros intentos de acceso al sistema de archivos (siendo comunes los cuadros de diálogo Abrir archivo y Guardar archivo). Además, no se limitará solo a Textmate, pero sus patrones de uso pueden significar que se muestran principalmente allí.
La solución, en este caso, sería desconectar las unidades externas cuando no estén en uso.
Por supuesto, esto no quiere decir que este es tu problema, sino que más o menos solucionará tus síntomas.