Eliminar uno no afecta al otro, ya que son copias de seguridad de diferentes tipos.
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La copia de seguridad en iCloud Backup (primera captura de pantalla) es una copia de seguridad del contenido del contenedor de la aplicación en tu iPhone. Se realiza una copia de seguridad cada noche a medida que se realiza la copia de seguridad de iCloud o manualmente cuando realiza una copia de seguridad ahora.
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La ‘copia de seguridad’ en iCloud Storage (segunda captura de pantalla) es una copia de seguridad creada por WhatsApp usando las configuraciones de WhatsApp → Chats → Chat Backup. Se realiza una copia de seguridad a lo sumo por el intervalo establecido en la configuración de WhatsApp, o manualmente cuando realiza una copia de seguridad ahora.
Usted decide qué copia de seguridad desea conservar. Personalmente, usaría el servicio de copia de seguridad de WhatsApp con iCloud en lugar de iCloud Backup.