No pueden saber cuándo un usuario ha desactivado las notificaciones. Apple no comparte esa información con los desarrolladores.
El desarrollador puede saber si una notificación fue descartada o si se presionó un botón.
Esos son tipos de notificaciones en las que usted, el usuario, debe tomar medidas. Hay otro tipo conocido como notificaciones silenciosas que no requieren que actúes. Estos son utilizados por las complicaciones de Watch, aplicaciones de VOIP, etc., y hacen cosas como poner insignias en el icono. Estos se enviarán a su dispositivo ya sea que tenga notificaciones habilitadas o no.
Apple le "promete" a un desarrollador que estas notificaciones se enviarán para que el desarrollador sepa si se tomaron medidas debido a eso (es decir, usted leyó un correo electrónico porque una insignia del icono le dijo que había un nuevo mensaje).
Lo mejor que puedes hacer es notificar al desarrollador directamente que no te gusta lo que están haciendo. Honestamente, a algunos desarrolladores no les importa y no cambiarán. En ese caso, deje de usar su aplicación y encuentre algo que se adapte mejor a sus necesidades.