Es difícil decir qué es tu país, pero tuvimos un problema similar en el mío. La causa fue que el formato de número dentro del país es diferente del formato internacional que la mayoría de los operadores utilizan al enviar mensajes o hacer llamadas. Por ejemplo, en el país tenemos 8-926-1234567 y el número internacional es + 7-926-1234567. En algunas versiones anteriores de iOS, el iPhone no podía reconocer estos números como iguales.
La solución fue simple: siempre use el número internacional para todos los contactos. Intenta y ve si ayuda.