Estoy buscando una solución al mismo problema. No he encontrado una buena solución, aunque hay una intrépida aquí que en resumen es:
Deshabilitar el estado de guardado de la aplicación:
rm -r '~/Library/Saved Application State/*'
chmod -R a-w '~/Library/Saved Application State'
Deshabilite 'Volver a abrir ventanas cuando vuelva a iniciar sesión':
defaults write com.apple.loginwindow TALLogoutSavesState -bool false
chmod a-w ~/Library/Preferences/com.apple.loginwindow.plist
sudo chown root ~/Library/Preferences/com.apple.loginwindow.plist
Vea el enlace provisto para más detalles.
¿Pero realmente espero que haya alguna solución mejor para esto? En mi caso, el problema es que tengo un mac en una sala de servidores que ejecuta automáticamente un script en una ventana de terminal. Esta máquina se puede reiniciar de forma remota. Pero así, cada vez que se reinicia, mantiene la ventana del terminal anterior y abre una nueva, por lo tanto, si la reinicio 10 veces, habrá 10 ventanas de terminal abiertas donde solo una está en uso.