No estoy seguro de que tengas todo en un solo lugar a través de tantos métodos de instalación diferentes, especialmente cosas como Homebrew, Macports y Ruby gems ...
Pero para las instalaciones 'estándar', puede consultar CleanApp (o varias alternativas ). Tiende a funcionar mejor si lo instala temprano, ya que supervisa las instalaciones, pero también puede detectar, hasta cierto punto, lo que ya está instalado.
Otra opción sería AppFresh (o varias alternativas ), aunque AppFresh se ha comercializado ahora, por lo que ya no es gratis.
Algunos de ellos (o las alternativas vinculadas) deberían mostrarle una buena selección de App Store, aplicaciones instaladas manualmente (DMG / PKG / zip) y similares, pero no creo que ninguna llegue hasta Homebrew, Macports o Ruby.