He pasado mucho tiempo resolviendo este problema y espero que pueda ayudar, incluso si no es la causa más común del problema.
El problema para mí aquí es saber si las fotos y las fotos de iPhotos almacenan tus fotos dos veces en dos espacios diferentes de tu disco duro o solo en uno con un enlace simbólico.
Dije que para mí esto es dos lugares diferentes (y no es algo bueno)
Si miras los tamaños de una imagen en particular en ambos directorios, no son los mismos. Por lo tanto, para mí no es el mismo objeto (un vínculo físico tendría EXACTAMENTE el mismo tamaño)
Si haces 'ls -lha' para estos 2 archivos (la misma imagen):
/Users/doubelle/Pictures/iPhoto Library.migratedphotolibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
/Users/doubelle/Pictures/Photos Library.photoslibrary/Data/2015/01/18/20150118-110234/2pfRkFdYTrSDeax1Tqq6DQ
Obtienes estos diferentes tamaños de archivo
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 38199 1 jul 22:47 IMG_0762.jpg
-rw-r--r--@ 1 doubelle staff 37136 1 jul 22:48 IMG_0762_migrated.jpg
De esa manera, puedes saber si un archivo está vinculado o duplicado.