En mi caso, el siguiente enfoque ha solucionado este problema, al menos por el momento:
(Usando Mail.app versión 9.2)
Ir a Correo > Preferencias y seleccione la pestaña 'Componer'. En la sección de preferencias relacionadas con 'Responder' y cambie la configuración para que sean lo contrario a lo que normalmente usa. Guarda los cambios.
Entonces salí de Mail. (En mi caso, también reinicié la máquina, por una razón totalmente separada y no relacionada, pero no sé si ese es un paso crítico o no, ciertamente no hará ningún daño). Relanzar el correo, y yo encontró que responder a un mensaje ahora se ajusta a las nuevas preferencias que he establecido.
Luego reedité las preferencias para establecerlas de nuevo a lo que quería. Intenté una nueva respuesta, y funciona: las direcciones de destino están en su lugar, el texto del original está ahí y se cita.
Supongo que el problema puede deberse a que la configuración de preferencias original se corrompió de alguna manera. Lo mantendré bajo revisión, y si deja de funcionar nuevamente pronto, apuntaré a agregar un comentario aquí.