Es posible cambiar la ID de Apple en un iPhone. Puedes hacer esto yendo a Configuración > iTunes y App Store y cierre la sesión con su ID de Apple actual. Después de eso, puedes iniciar sesión con el nuevo ID de Apple.
Al descargar / comprar una aplicación de la App Store, se conectará a la ID de Apple que se utiliza para realizar la descarga / compra. Esto significa que si empiezas a usar un ID de Apple diferente para descargar / comprar nuevas aplicaciones, no hay problema para actualizarlas.
Como mencionaste, tienes por ejemplo WhatsApp instalado. Si hay una actualización para WhatsApp en la App Store, todavía puedes actualizarla, pero debes usar la contraseña de ID de Apple de tu "antigua" ID de Apple.
En una nota al margen, puede hacer una copia de seguridad de su historial de WhatsApp (textos y medios) en iCloud. Después de esto, puede eliminar y volver a instalar WhatsApp y restaurar la copia de seguridad.
No sé si otras aplicaciones que son importantes para usted tienen la misma funcionalidad para crear una copia de seguridad en iCloud.