Esta es una gran pregunta. Esto podría ser un comportamiento intencionado en lugar de un error. El Control de la Misión parece haber mezclado tanto la Exposición antigua como los Espacios antiguos. Teniendo eso en cuenta, al iniciar una nueva aplicación, Pantalla completa la coloca en su propio escritorio. Cuando llegue a Mission Control, verá que se encuentra a la derecha del Escritorio original y vacío. Abra una segunda aplicación de pantalla completa y la ubicará nuevamente en su propio escritorio, junto a la primera aplicación de pantalla completa que abrió.
Al igual que las pantallas de inicio en iOS y los espacios anteriores, parece que Apple pretende que estos equipos de escritorio permanezcan, en cuanto al espacio, en el mismo lugar. Mail está "a la izquierda" de Safari si abrí Safari después de abrir Mail. Estoy de acuerdo en que esta noción espacial choca con nuestra comprensión preconcebida del conmutador. Esa es la misma razón por la que la ocultación está desactivada para las aplicaciones de pantalla completa (al presionar ⌘ + H no se ocultará una aplicación de pantalla completa).
Si todo es pantalla completa, el concepto de ocultación se vuelve menos relevante. Recuerdo las versiones anteriores de Mac OS, donde tenías pilas sobre pilas de ventanas. Ocultar una aplicación como Adobe Photoshop (y todas sus muchas ventanas abiertas para cada una de mis muchas imágenes abiertas) tenía sentido. Si tal "apilamiento" de ventanas no está espacialmente allí (debido a que esas aplicaciones de pantalla completa ahora están una al lado de la otra, en realidad no están apiladas), entonces casi tiene sentido que no funcione.
Habiendo dicho todo eso, no podría estar más de acuerdo en que Lion se ha metido por completo en el flujo de trabajo de muchos usuarios antiguos de Mac. No estoy necesariamente de acuerdo con las decisiones de Apple aquí, solo estoy tratando de actuar como defensor y ver si esta en particular tiene alguna explicación que tenga sentido. Espero que esto ayude.
Actualización:
Este artículo en TidBITS menciona una nueva función en Lion llamada terminación automática. No estaba al tanto de esta característica. Me pregunto si el comportamiento que está experimentando el autor de esta pregunta está relacionado con esto.