¿Utilizas el Youtube.app? Porque si no lo usas, puedes desactivarlo. Ir a Configuración > General > Las restricciones Allí puede deshabilitar varias aplicaciones, una de ellas es la aplicación Youtube. Con el youtube.app deshabilitado, un enlace de youtube en Safari ya no lo redirigirá al Youtube.app nativo. El icono de la aplicación Youtube tampoco aparecerá más en su pantalla de inicio / trampolín y tampoco podrá iniciarlo desde Spotlight, por lo que deberá usar el sitio de YouTube móvil en Safari si desea navegar por los videos de Youtube.
Si no estás dispuesto a deshabilitar la aplicación nativa de Youtube, no hay forma de cambiar este comportamiento.