Abra la aplicación en un escritorio diferente

De los comentarios, ya que esto parece funcionar para el OP, aunque no pude hacerlo para mí mismo, en El Capitán.

De Evite que las aplicaciones roben el foco cuando se abre en OS X - por Topher Kessler [de modo que al menos tiene un buen pedigrí, pero es de 2011]

  

Para tener un programa siempre abierto en segundo plano, deberás editar   una lista de propiedades en el paquete del programa y agregue un par de líneas a   el archivo. Para hacer esto, sigue estas instrucciones:

     

1. Localice el archivo del paquete de la aplicación para el programa en cuestión.

  

2. Haz clic con el botón derecho y selecciona "Mostrar contenido del paquete".

  

3. Vaya al directorio "Contenido" dentro de la aplicación y abra el archivo "Info.plist" en un editor de texto.

  

4. Agregue las siguientes líneas al archivo (la ubicación más fácil es ubicarlas inmediatamente después de la etiqueta <dict> , antes de la primera <key>   etiqueta en la parte superior del documento):

   <key>LSBackgroundOnly</key>
   <string>True</string>
   

  

5. Guarde y cierre el archivo y cierre las ventanas del paquete de la aplicación

  

Después de hacer esto, el programa debería iniciarse detrás de los demás.   veces, y luego solo será traído al frente si hace clic en una ventana para   el programa. Como advertencia, editando los contenidos de   las aplicaciones romperán su firma de código, que se requiere para   algunas aplicaciones para trabajar automáticamente con servicios del sistema como el   Firewall de aplicaciones. Sin una firma de código intacta, el sistema puede   siempre solicite que permita aplicaciones a través del firewall cuando   se lanzan, lo que puede ser un inconveniente.   Además, esto puede no funcionar para todas las aplicaciones, pero no entonces   puede eliminar fácilmente las líneas agregadas para restaurar la funcionalidad completa a   el programa.

     

La segunda opción para afectar un programa de lanzamiento es desarrollar un   Script que lo lanzará en segundo plano. Los fundamentos para esto.   las secuencias de comandos son para utilizar el comando de terminal "abierto", con el indicador "-g" en   de la siguiente manera (usando iCal como ejemplo):

     

open -g /Applications/iCal.app

     

Como alternativa a proporcionar el nombre de ruta completo a la aplicación,   También puede utilizar el indicador "-a" y luego solo suministrar la aplicación   nombre, como el siguiente:

     

open -ga iCal

     

Con estos comandos, puede configurar un iniciador para sus programas   ya sea utilizando AppleScript o Automator, donde el script ejecuta este   comando como un script de shell para apuntar a la aplicación de elección. por   Por ejemplo, para crear un script que siempre inicie iCal en el   Fondo, abra Automator y cree un nuevo flujo de trabajo de la aplicación. Entonces   agregue la acción "ejecutar shell script" al flujo de trabajo y pegue uno de los   Comandos anteriores en el campo de script de la acción. Luego guarda el flujo de trabajo   y cuando lo ejecutes, iCal debería abrirse detrás de tu aplicación actual.

Una advertencia parece ser que la aplicación no se puede cerrar correctamente, es decir, su proceso todavía está presente después de cerrarla.

Lo he intentado en Yosemite pero no en Sierra, pero podrías intentar deshabilitar el conmutador automático de escritorio.

Abre el terminal y escribe:

defaults write com.apple.dock workspaces-auto-swoosh -bool NO

reinicia el dock con

killall Dock

Para volver al tipo de configuración predeterminado

defaults write com.apple.dock workspaces-auto-swoosh -bool YES
killall Dock

Obtengo el rendimiento que deseas al usar la opción 'ninguna' al asignar una aplicación a un escritorio. Pero si la aplicación está abierta en otro escritorio, lo llevarán a ese escritorio si intenta abrir otra instancia de la aplicación. No sé un trabajo alrededor de esto. Solo asegúrese de no abrir la aplicación en un escritorio que no sea el que desea. Si hay una solución para esto, tal vez otro respondedor lo sepa.