Si no puede restaurar /usr/ a partir de una copia de seguridad, primero puede iniciar en modo de usuario único (al mantener presionado command-S) y ejecutar chown -R root /usr/ .
En mi instalación, todos los archivos bajo /usr/local/ eran propiedad de root o de mí, algunos archivos bajo /usr/ eran propiedad de _uucp , y todos los demás archivos bajo /usr/ eran propiedad de root:
$ sudo find /usr/local ! -user root ! -user $USER
$ sudo find /usr/!(local) ! -user root -print0|xargs -0 stat -f '%Su %N'
_uucp /usr/bin/cu
_uucp /usr/bin/uucp
_uucp /usr/bin/uuname
_uucp /usr/bin/uustat
_uucp /usr/bin/uux
_uucp /usr/sbin/uucico
_uucp /usr/sbin/uuxqt
_uucp /usr/share/uucp
Esto cambiaría el propietario de los archivos uucp :
sudo chown _uucp /usr/bin/{cu,uucp,uuname,uustat,uux} /usr/sbin/{uucico,uuxqt} /usr/share/uucp
/usr/local/ no existe en una instalación nueva de OS X. Si solo usó /usr/local/ con Homebrew, puede eliminar /usr/local/ y luego reinstalar Homebrew.
Alternativamente, puedes usar Pacifist para copiar el /usr/ predeterminado de un instalador de OS X descargado desde App Store. Realizar una instalación actualizada de OS X desde la partición de recuperación o actualizar a 10.9 también podría restaurar los propietarios de algunos archivos.