Tuve el mismo problema que tú. Esto es lo que hice para eliminar los duplicados rápida y fácilmente.
- Exporta toda tu biblioteca de fotos a una carpeta.
- Cierra las fotos y crea una nueva biblioteca de fotos. (No se eliminará hasta que sepa que funcionó)
- Abra esa nueva biblioteca vacía en fotos y arrastre todo (usando CMD + a en el buscador) en esa carpeta exportada a la ventana Photos.app.
- Durante la importación, se le pedirá que elija lo que desea hacer para las fotos duplicadas y le mostrará las dos primeras fotos idénticas que ha encontrado, seleccione "omitir" y "aplicar a todas".
- Allí tienes una biblioteca completa de fotos puramente únicas.
Notas: Como mencionó que tiene 5000 fotos, la Mac posiblemente dejará de responder un poco mientras las arrastra a la ventana. Se paciente y deja que haga su trabajo, pero está funcionando. (4,3000 fotos fueron un poco tartamudeo en mi Mac mini i5 2012, pero funcionó después de ser paciente)
Es posible que las fotos no puedan detectar si ya tienen esas fotos en la biblioteca, pero hacerlo durante la importación ha demostrado ser una solución confiable, así que, por el momento, debes estar preparado para realizar una importación masiva.