Respondiendo a su pregunta, iOS 4 permite que las aplicaciones se ejecuten en segundo plano, pero eso no funciona de la misma manera que en los escritorios. Las aplicaciones que se ejecutan en segundo plano deben utilizar una memoria muy baja y se eliminarán tan pronto como las aplicaciones suficientes necesiten la memoria que se encuentra delante. Entonces, lo que realmente necesita es enviar notificaciones de chat, lo que ayuda a ahorrar batería de su teléfono porque consume menos energía y es manejado por el sistema.
Nimbuz es otra gran opción gratuita que también admite llamadas de voz, muchos mensajes instantáneos, push (por experiencia, creo dura entre 24 horas y 3 días como máximo), y solía trabajar incluso con la voz de Skype. ahora no hay ningún cliente de terceros que funcione con skype en absoluto, que yo sepa.
Es mi favorito actual y he probado muchas opciones, aunque no he probado con Trillian ni con Beejive.
Fring es el primero para iPhone y también es genial. Cuenta con videollamadas (entre 2 frings). Prefiero Nimbuzz debido a los pequeños detalles, como fring no muestra de qué protocolo está el perfil específico en la lista.
Al final, la aplicación que elijas será la mejor para tu gusto personal, ya que hay muchas opciones buenas.