Según EveryMac.com/EveryiPhone.com , la SE de 64 GB se vendió (en los EE. UU. Porque no especificó un país diferente) con iOS 9.3 preinstalado.
iOS 10 salió a la venta en septiembre de 2016 y creo que todos los iPhones posteriores a esa fecha vienen con 10 preinstalados, incluido el modelo de 64 GB. Puedo comprar el Best Buy cerca de mí y tienen anunció una SE de 64 GB con iOS 10 preinstalado. Debería asegurarse de que la que desea comprar se distribuyó antes de septiembre.
Como un descargo de responsabilidad estándar, no recomendaría que se quedara con iOS 9. Se emitieron muchas mejoras de seguridad y se siguen emitiendo con las últimas versiones. Te dejas abierto a ser comprometido con un sistema operativo más antiguo.