Minimizar en el lado derecho de la bandeja es prácticamente la norma para las llamadas "aplicaciones basadas en documentos", por lo que una aplicación abierta puede tener 1 o más ventanas abiertas (o "documentos"). Esto permite que cada ventana individual tenga su propio ícono minimizado, con un ícono basado en vista previa que le permite distinguir entre ellas.
Las aplicaciones que no están basadas en múltiples ventanas, como la Utilidad de Discos, etc., generalmente minimizan el ícono de la aplicación, e incluso si (como Safari) do tienen varias ventanas, luego hacen clic en el dock el ícono de la aplicación debería llevarlo a la ventana más reciente si no es simplemente la única.
De cualquier manera, el ícono de las aplicaciones en ejecución para Safari debería permanecer en el muelle, aunque debo admitir que el mío también desapareció recientemente, aunque no puedo recordar si esto fue antes o después de ML.
Un reinicio debería solucionarlo, ya que me parece que es un fallo transitorio, pero si está familiarizado con Terminal.app, puede escribir lo siguiente para reiniciar el proceso del Dock, que debería eliminar cualquiera de esos gremlins:
killall Dock
También puede forzar que las aplicaciones basadas en documentos solo se minimicen al ícono de acoplamiento y no produzcan íconos por ventana en el lado derecho del acoplamiento en Preferencias del sistema:
